Die Michael-Franke-Stiftung ist eine Einrichtung des privaten Rechts. Sie ist als gemeinnützig anerkannt und unterliegt der Stiftungsaufsicht der Bezirksregierung Köln. Sie hat keine Mitglieder und agiert als Förderstiftung.
Organe der Stiftung sind der Vorstand und der Beirat.
Der Vorstand besteht aus drei ehrenamtlichen Mitgliedern, die der Verein der TelefonSeelsorge Bonn/Rhein-Sieg e. V. aus seinen Reihen wählt.
Der Beirat setzt sich aus Vertretern folgender Bonner Einrichtungen zusammen:
- Beratungsstelle für Eltern, Kinder und Jugendliche der Bundesstadt Bonn
- Evangelische Beratungsstelle für Erziehungs-, Jugend-, Ehe- und Lebensberatung
- Beratungsstelle für Eltern, Kinder und Jugendliche (Caritas)